介绍

CWL是一种描述命令行工具的方式,并将它们连接在一起以创建工作流程。由于CWL是一个规范,而不是一个具体的软件,使用CWL描述的工具和工作流程可以在支持CWL标准的各种平台上移植。

CWL起源于 "make "和许多类似的工具,它们根据任务之间的依赖关系来决定执行顺序。然而,与 "make "不同,CWL的任务是独立的,你必须明确你的输入和输出。明确和独立的好处是灵活、可移植和可扩展:用CWL描述的工具和工作流可以利用Docker等技术,并与不同来源的CWL实现一起使用。CWL非常适用于描述集群、云和高性能计算环境中的大规模工作流,这些环境中的任务是在许多节点上并行调度的。

简介:

官网:https://www.commonwl.org/在新窗口打开

github:https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language在新窗口打开

现有的cwl流程:

1)https://github.com/truwl/capanno/tree/master/cwl-tools在新窗口打开

2)https://github.com/common-workflow-library/bio-cwl-tools在新窗口打开

3)https://github.com/common-workflow-library/legacy/tree/master/tools在新窗口打开

安装 Sixbox以运行CWL Workflow

  1. 前往下载中心在新窗口打开下载安装脚本Sixbox_linux64_latest.sh在新窗口打开

  2. 在linux终端运行以下指令

bash Sixbox_linux64_latest.sh
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  1. 按照安装程序屏幕上的提示进行操作(如果您不确定任何设置,可以接受默认值)。

  2. 为了使更改生效,请关闭然后重新打开终端窗口。

  3. 测试您的安装。在终端窗口,运行sixbox -h命令。如果已正确安装,将显示参数说明。

至此,sixbox-linux的安装和配置顺利结束。您可以使用sixbox运行CWL Workflow

sixbox运行CWL Workflow示例:

sixbox run ./samtools-mpileup.cwl ./samtools-mpileup.yml
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其中./samtools-mpileup.cwl定义了软件的参数结构与输入输出,./samtools-mpileup.yml定义了软件参数的值与输入文件