sixoclock 帮助文档

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六点了协作云是一个专业的提供生物医疗数据、算法、知识等内容在线创作的平台。

快速上手 sixoclock简介

简洁至上

以 CWL 为基础的生物医疗数据处理协作,以最少的配置帮助你专注于数据分析而不是环境配置。

基于Docker

享受 Docker带来的一键配置软件安装环境,即启即用的生命周期管理。

可视化

sixoclock会将每一个CWL流程预渲染生成可视化页面,你可以用来展示、设置、运行它们。

人人都可快速上手

# 下载并安装sixbox
wget https://bucket.sixoclock.net/resources/dist/latest/Sixbox_linux64_latest.sh

bash Sixbox_linux64_latest.sh

# 搜索在线应用
sixbox search app bowtie
# 拉取在线应用到本地
sixbox pull app 5847e32d-127e-469b-9f7a-3e1b97f4625a
# 生成应用的模板参数并手动配置
sixbox run --make-template 6oclock/bowtie2-build:v2.2.9 > ./bowtie2-build.yaml
# 运行指定参数配置下的应用
sixbox run  6oclock/bowtie2-build:v2.2.9 ./bowtie2-build.yaml


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# 下载并安装sixbox
pip3 install sixbox

# 搜索在线应用`bowtie`
sixbox search app bowtie
# 拉取在线应用到本地
sixbox pull app 5847e32d-127e-469b-9f7a-3e1b97f4625a
# 生成应用的模板参数并手动配置
sixbox run --make-template 6oclock/bowtie2-build:v2.2.9 > ./bowtie2-build.yaml
# 运行指定参数配置下的应用
sixbox run  6oclock/bowtie2-build:v2.2.9 ./bowtie2-build.yaml
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